公积金贷款首付和商业贷款首付的区别主要在于：

首套房商贷首付一般最低三成（各地、各银行规定可能会存在一定差别），而公积金贷还会考虑到房屋面积，一般建筑面积在九十平方米（含）以下的，首付只要付两成就够了；建筑面积在九十平方米以上，则首付最低需要付三成。

除此之外，并没有什么太大的不同。若购买的是二套房，那无论客户申请的是公积金贷还是商贷，首付比例都要比首套房高，国务院规定最低是40%，各地、各银行还会根据当地政策规定、市场情况等进行一定调整，不少需要五六成才行，甚至有的高达七成。

当然，如果是比较二者利率，那差别就比较大了，公积金贷执行央行贷款基准利率，五年以上的年利率只要3.25%；而商贷以相应期限的LPR为定价基准加点形成，其中LPR的报价是：5年期以上为4.65%。